סמנכ"ל תפעול חדש החל את עבודתו בנמל אשדוד: אל"מ (במיל') יצחק כהן. כהן שירת 26 שנה בצה"ל. בתשע השנים הראשונות שימש כהן בתפקידים שונים ובשנת 2002 מונה לראש ענף תפעול וניהול הייצור במרכז השיקום והאחזקה של אט"ל בדרגת סא"ל.

בשנת 2005 מונה כהן לתפקיד ראש ענף תכנון ומערכות מידע בחטיבה הטכנולוגית של זרוע היבשה וב-2007 לראש ענף תכנון וארגון באגף הטכנולוגיה והלוגיסטיקה. בשנת 2008 מונה כהן למנהל מפעל יצור טנקי המרכבה ובמסגרת תפקיד זה ניהול מפעל המונה כ-550 עובדים שעוסק בייצור טנקי המרכבה והנמר ומשביח את כלל סוגי הטנקים של צה"ל. בשנת 2010 עבר כהן לשמש כראש מחלקת תכנון ותפעול בחטיבה הטכנולוגית בזרוע היבשה.

בשנת 2012 החל כהן בתפקידו האחרון בצה"ל אותו מילא עד שנת 2014 כמפקד מרכז שיקום ואחזקה מטכ"לי (מש"א 7000) של אגף הטכנולוגיה והלוגיסטיקה בצה"ל. במסגרת תפקיד זה פיקד כהן על 2,500 אזרחים עובדי צה"ל, אנשי קבע וחיילי חובה, היה אחראי על תקציבים ייעודיים ותפעוליים והוביל תהליכי התייעלות רבים שישרתו את צה"ל גם בעתיד.