במהלך השבת התמוטט הרב פינטו ואיבד את הכרתו, רופאי המר"ש (מרכז רפואי שב"ס) הוזעקו למקום, טיפלו ברב עד ששב להכרה, היות והיה מדובר ביום שבת הוחלט שלא לפנות את הרב פינטו לבית החולים. ביום שישי הפיצו חסידי הרב המודאגים הודעה הקוראת להתפלל לשלומו לאחר שבתקופה האחרונה, הרב פינטו חש בכאבים עזים, הובהל פעמיים לבית החולים הדסה, שם אובחנה בעיה רפואית אקוטית ובהתייעצות עם רופאו בארה”ב, הוחלט כי על הרב לעבור ניתוח דחוף.
בעקבות מצבו הרפואי הקשה של הרב, חסידיו יצאו בפניה נרגשת בפני הנהגת המדינה וביקשו לשחרר את הרב בשל סכנה ממשית לחייו "אין אנו יכולים לשבת בשקט בזמן שהרב פינטו נמצא בסכנת חיים ממשית" סיכמו חסידיו בדאגה גדולה.
