אמש חשף ערוץ 10 כי חודשיים בלבד אחרי שהחל לרצות את עונש המאסר שנגזר עליו, הרב יאשיהו פינטו ביקש לצאת לחופשי על ידי חנינה מבית הנשיא, ועל פי הפרטים שפורסמו במהדורה המרכזית של חדשות 10 נימק הרב פינטו כי יש לחנון אותו בשל מצבו הבריאותי.
אין זו הפעם הראשונה שבה הרב פינטו מציג את בעיותיו הבריאותיות כנסיבות להקל עמו. לאחר שבפברואר האחרון החל לרצות בכלא ניצן את שנת המאסר שנגזרה עליו. גם אז מצבו הבריאותי של הרב פינטו ליווה את כניסתו לכלא אחרי טען הרב כי אינו חש בטוב ומסר כי הוא בדרכו לבית החולים הדסה עין כרם שבירושלים, אולם הוא לא התייצב שם. בסופו של דבר הוא הגיע חצי שעה לאחר המועד שנקבע.
בעקבות הגשת בקשת החנינה לבית הנשיא, אמרו היום גורמים משפטיים כי ההערכה היא שבמשרד המשפטים יתנגדו להסכמתו של הנשיא, ראובן (רובי) ריבלין, לבקשתו של הרב פינטו לשחרור מוקדם. בתוך כך נודע כי במידה ובקשת החנינה אכן תידחה, הרב פינטו צפוי להגיע לבית משפט השלום בירושלים בחודש ספטמבר הקרוב במדי אסיר על מנת למסור עדות בפרשה נוספת הנקראת "חזון ישעיה", הפרשה עליה, כביכול, ביקש מידע מתת ניצב אפרים ברכה.
בפרשה זו הוגש כתב אישום נגד אברהם ישראל, שייסד ועמד בראש העמותה, בגין קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, ניסיון לקבל דבר במרמה בנסיבות מחמירות, רישום כוזב במסמכי תאגיד, איסור הלבנת הון ודיווח בלתי נכון, גניבה בידי מנהל, מרמה והפרת אמונים בתאגיד ושיבוש מהלכי משפט. על פי כתב האישום, ישראל הציג נתונים מוטעים לתורמי העמותה כדי להסוות את מצבה הכלכלי והעביר כספים שנתרמו לידיים פרטיות. גם הרב יאשיהו פינטו מוזכר בכתב האישום כמעורב בעבירות, אך התיק נגדו נסגר בשל חוסר ראיות, והוא רק יצטרך לתת עדות בעניין.
