האוגדה כוללת את יחידות העילית של צה"ל, כמו חטיבת הצנחנים, חטיבת הקומנדו ויחידות מיוחדות נוספות, המוכנות לפעול במהירות ובאופן עצמאי באזורים מרוחקים ובעלי תנאי שטח מורכבים. הכשרת לוחמי אוגדה 98 שמה דגש על כשירות גבוהה, כושר פיזי ונפשי ועל יכולות מבצעיות מרשימות הכוללות לחימה בשטח פתוח ובנוי, השתלטות על שטחים ותמרון מהיר בעומק האויב.
משימותיה העיקריות של האוגדה כוללות חדירה לשטח האויב במסגרת מבצעים חשאיים, חיסול תשתיות טרור, איסוף מודיעין קריטי, והשתלטות על יעדים אסטרטגיים בשטחי אויב. יכולות הצניחה והחדירה העמוקות מאפשרות לה לפעול גם בתנאי שטח קשים במיוחד, כגון הרים ויערות, תוך שמירה על יתרון אל מול כוחות האויב.
מפקדי אוגדה 98 נבחרים בקפידה מתוך שדרת הקצונה המובחרת בצה"ל, והיא נחשבת לאחת האוגדות החשובות ביותר בכל הקשור לשמירה על מוכנותו של צה"ל למלחמות ולהתמודדות עם איומים אסטרטגיים מצד מדינות וארגוני טרור.
בנוסף למשימות המבצעיות, אוגדה 98 משתתפת גם בתרגילים רב-לאומיים ובפיתוח תורות לחימה חדשות, מה שמבטיח את רמת הכשירות הגבוהה ביותר בקרב כוחותיה. מעורבות זו מקנה לה את יכולת הגמישות והתגובה המהירה מול מגוון רחב של איומים בזירה האזורית והבינלאומית.
