מאז האסון הגדול והנורא של שואת שמחת תורה, הרב הראשי רבי חיים שמעון פינטו פוקד בתי אבלים שיקירם נרצחו באותו יום מר ונמהר, מנחם, מחזק ומעודד.
כך נוהג בדרכו ללשכתו ברבנות הראשית או בחזרתו, לעודד את המשפחות בביתם והרחוקים יותר בשיחות טלפון וגם עונה להם על שאלות קשות המתעוררות במצבים קשים אלו איך וכיצד לנהוג.
מיד ששמע על יוזמתו הברוכה של הרב עובדיה דהן יו"ר המועצה הדתית שעשה למען כבודם של הנרצחים הקדושים ה' יקום דמם, בהעמדת שלושה חדרי קירור ענקיים ששם מאוחסנים בכבוד נרצחים הקדושים הי"ד, מכיון שאין פעילות של חברה קדישא בישובי העוטף, ביקש להגיע לבית העלמין וערך תפלה וקדיש לעילוי נשמתם.
גם במשך השבוע כשעבר ליד בית העלמין ביקש להיכנס לרחבת בית העלמין, ירד מרכבו כשבידו ספר תהילים, נעמד כשכולו נרגש בסמוך לחדרי הקירור וקרא פרקי תהילים לעילוי נשמתם של הקדושים הי"ד.
לאחר התפילה אמר למקורביו ולעובדי בית העלמין שהיו באותו רגע, אותם קדושים אותם יהודים יש להם נשמה טהורה, הם בגדר של יהודים שנהרגו על קידוש ה', שהם במדור גדול וגבוה מאוד בשמים, וזה זכות להתפלל כאן ליד יהודים שנהרגו רק בגלל היותם יהודים.
קרא להתחזק בימים אלו במעשים טובים, להידבק במידות טובות להרבות שלום טובה וברכה, ומתוך כך תשרה האחדות והאהבה בין הבריות, ויתגדל שם שמים בפי הבריות, כל אחד ישתדל להרבות אהבה ואחוה ורעות בין אחינו בני ישראל, ולהיות דבקים בעבודתו יתברך, ויסיר מעלינו חרון אפו ויאמר ה' די לצרותינו ונזכה בה לגאולה השלימה במהרה בימינו אמן.
