בעקבות "שואת שמחת תורה" שנטבחו ונהרגו מאות יהודים ועשרות רבים נלקחו בשבי
זמן קצר לאחר תחילת התפילה אצל הרב הראשי רבי חיים פינטו בבית הכנסת "ישמח משה" ברובע ה', הגיעו לבית הכנסת קציני משטרה ועדכנו את הרב באסון הגדול והכואב "שואת שמחת תורה" ובד בבד פנו למתפללים וחילקו צו 8 לגיוס מיידי ללחימה בדרום, הרב פינטו בירך את המתגייסים שיצאו לשלום ויחזרו לשלום.
הרב פינטו קיבל את בשורת האיוב בכאב גדול ובשברון לב, התפילות התנהלו כרגיל כשהמתח הורגש היטב באוויר. עם תחילת ההקפות, בית הכנסת היה מלא מפה לפה וביקש לשאת דברים לנוכח המצב ואמר: עם ישראל נמצא במצב קשה מאוד, זה שואה, יהודים מתכוננים לשמחת תורה וטובחים בהם ולוקחים אותם בשבי באכזריות, ברגעים קשים אלו, עם ישראל זקוק להמון זכויות שתגן עליהם ובפרט על כל החיילים וכוחות הבטחון הנמצאים בקו החזית, על כן אני מבקש מכל אחד שנמצא כאן ולהעביר גם לאחרים, כעת זה הזמן שכל אדם באשר הוא יקבל על עצמו ללמד "זכות על עם ישראל" בזמן הזה וזה מה שיציל אותנו במלחמה הזו להיזהר שלא לקטרג ולא לדבר לשון הרע בפרט בתקופה הזו, ללמד זכות על ישראל ולא לחפש אשמים, אלא לחפש וללמד "זכות" על עם ישראל והוסיף ואמר, שתדעו גם אלו שעושים עבירות ועבירות חמורות, הם עושים זאת מתוך "שטות" ולא מתוך ידיעה נגד ה' חס ושלום. אנו במצב של שמחת תורה בבחינת "עין במר בוכה ולב שמח" אסור להפסיק את השמחה וה' שומר עלינו.
במשך כל היום, מתפללי בית הכנסת משעות הבוקר עד הערב לא יצאו מבית הכנסת כשברקע נשמעים אזעקות מידי פעם. סעודת החג נערכה באולם בית הכנסת, ובצהריים הרב פינטו הזמין את כל הקהל לביתו ושם ערכו הקפות עם ספר תורה קדוש וקטן שמונח בביתו ולאחר מכן עשו הסעודה ושוב חזר ואמר: "אני מבקש בכל לשון מעומק הלב, בשעות קשות אלו ללמד זכויות על עם ישראל".
בשיחה עם אנשים שהתפללו עם הרב בליל הושענא רבה בקרית מלאכי בסמוך לציון "אוהל הצדיקים", מספרים כי השנה היו דברים שונים בהנהגתו של כבוד הרב פינטו, ראשית הרב פינטו השתתף מתחילת הלימוד ברציפות עד לאחר תפילת מוסף שהסתיימה בשעה מאוחרת יותר מכל בתי הכנסת. במהלך הלימוד עצר שלוש פעמים וערך ברכת "מי שבירך" לעם ישראל, בעת קריאת התהילים למרות שהמנהג הוא לא לומר יג' מידות ביקש לומר יג' מידות של רחמים מילה במילה ותקע בשופר לעורר את זכותו של יצחק אבינו ואמר שאנו במצב שזקוקים מאוד לרחמים. בביקור לאחר נץ החמה, הקיף את הציון הקדוש בקרית מלאכי עם ספר התורה הקדוש בן 400 שנה.
במשך כל הלילה של מוצאי שמחת תורה, רבי חיים פינטו קרא את כל ספר התהילים שלוש פעמים, כך גם הרבנית תחי', גם ברגעים אלו ספר התהילים לא מש מידו, הרב פינטו אמר לפני מס' רגעים: "זה זמן שמידת הדין מתוחה ועלינו לגרום למיתוק הדינים וזה ע"י קריאת תהילים וללמד זכות כל הזמן על עם ישראל ולא לדבר חס ושלום רע על עם ישראל, ומברך כל הזמן את חיילי צה"ל ואת כוחות הבטחון שלא יאונה להם כל רע ויצאו לשלום ויחזרו לשלום".
