המשרד להגנת הסביבה מתנגד להקמת מעגנות חדשות בשל ההשלכות הסביבתיות והחברתיות השליליות שהן יגרמו. תחת זאת, המשרד תומך בשדרוג, ייעול והרחבה של המעגנות הקיימות.

השרה להגנת הסביבה, תמר זנדברג, בתגובה להחלטת ועדת המשנה לתכנון ובניה בנושא הקמת המעגנות: "אני מברכת על דחיית התכנית להקמת 6 מעגנות חדשות. שטחי החוף בישראל מצטמצמים ולחצי הפיתוח גוברים. אין שום הגיון בקידום חניות לסירות ויאכטות, שמשרתות מעטים על חשבון הרבים, ופוגעות אגב כך במגוון הביולוגי החשוב בחופים והים התיכון".

השרה להגנת הסביבה הוסיפה "בוודאי כאשר ניתן להרחיב את המרינות הקיימות. זו בדיוק מסוג התכניות שצריכות לחלוף מן העולם בימים של משבר אקלים ומשבר אקולוגי. לצד זאת, ההחלטה להקים מרינה בנהריה מצערת, וכולי תקווה שאף היא לא תקודם".