ההתאבדות הטראגית של תת ניצב אפרים ברכה, גרמה לטלטלה ברחבי הארץ בכלל ובאשדוד בפרט. בכל זאת, תנ"צ ברכה הוא זה שעמד במרכז פרשת הרב יאשיהו פינטו, ומאז שהפרשה התפוצצה, נוצרו שתי גרסאות קיצוניות, שגרמו לסערה רבתי.
למרות שברכה היה זה שפעל נגד הרב פינטו, בפרשה שעלולה לשלוח את הרב המוערך לשנת מאסר, רוב חסידיו של הרב מאשדוד השמיעו ביממה האחרונה דברי צער על מותו הטראגי של החוקר מספר 1 במשטרת ישראל.
בסיור שערכנו בישיבת "שובה ישראל" נשמעו כמה וכמה חסידים של הרב אומרים: "אומנם אפרים ברכה עשה נזק בלתי יתואר לרב פינטו, לאחר שהיה בן בית וזכה ליחס שלא רבים זכו לקבל, הרי שמדובר בטרגדיה של ממש, ודווקא היינו רוצים שהפרשה הזו תגיע לחקר האמת בצורה אחרת, ולא חלילה שיהודי שולח יד בנפשו. מדובר באיש משפחה, עם ילדים, וזה צער גדול לראות את המשפחה עוברת כזו טרגדיה. אנחנו יודעים שגם הרב עצמו הביע צער גדול על מותו של ברכה, ובכל השיעורים שהוא קיים בשבועות האחרונים המסר של הרב היה ברור – לסלוח לכולם, לפייס, לאחד, גם סביב הפרשה שלו. הרב אמר שאין לשפוט איש על מעשיו, וזה רק מראה על גדלותו של הרב, שלמרות הפגיעה האישית הקשה, פעל בצורה מעוררת הערצה".
מחקירה ראשונית עולה כי במהלך הלילה התקשה תת ניצב ברכה לישון בשלווה, לפנות בוקר הוא אמר לבני ביתו: "אני יוצא לשאוף אוויר", ויצא מהבית כשהוא נסער. בני משפחתו חששו והתקשרו לחברו תת-ניצב אבי נוימן, המתגורר בסמוך. נוימן התקשר למשטרת מודיעין והורה לפתוח בסריקות של כלל שוטרי התחנה, וכן לבצע איכון לסלולרי של ברכה. לאחר כ-11 דקות, נמצא ברכה בסמוך לביתו בתוך רכבו, כשהוא ירוי בליבו. צוות מד"א שהוזעק לזירה נאלץ לקבוע את מותו.
הלווייתו של ברכה תתקיים היום (שני) בשעה ארבע אחר הצהריים בבית העלמין במודיעין. בני משפחתו ביקשו מכלי התקשורת שלא לסקר את ההלוויה.
